Do poprawnego działania PlusBarcodeReader potrzebuje pliku konfiguracyjnego, który jest podawany przy wywołaniu programu. Plik ten jest w formacie INI. Kodowanie pliku konfiguracyjnego powinno być ustawione na UTF-8 bez BOM lub ANSI. Plik składa się z dwóch części: ogólnych ustawień oraz konfiguracji przetwarzania poszczególnych katalogów.